Según decreto Ejecutivo N° PCM-008-97 de fecha 07 de junio de 1997, la dirección Gneral de Asuntos Especiales es reponsable de cuestiones relacionadas con: Derechos Humanos , Ambiente, Organismos No Gubernamentales y Narcotráfico.
Además de las competencias que asigna a la DGAE el decreto Ejecutivo N° 008/97 de creación de las Estructuras del Poder Ejecutivo, le han sido asignados delegados por la superioridad institucional, los temas siguientes:
- Derecho Internacional Humanitario
- Delitos transnacionales
- Mujer, niñez y Familia
- Protección del Patrimonio Cultural e Histórico Nacional
- Asuntos Migratorios
- Salud
- Seguridad Ciudadana