El Presidente de la Republica dirige la Política Exterior de Honduras y el Secretario de Relaciones Exteriores es el encargado de tomar todas las providencias necesarias para llevarlas a un feliz término.

En la Constitución Política del Estado de Honduras emitida por los representantes del pueblo reunimos en una asamblea constituyente en Comayagua el 11 de Enero de 1839, teniendo como Presidente a Don Juan Lindo y como Vicepresidente a Don Dionisio de Herrera, se determinó que el Poder Ejecutivo funcionaria con tres Ministerios. El Ministerio de Relaciones, Guerra, que comprendería la Comandancia General de Armas y  Hacienda, que tenía bajo su responsabilidad la Intendencia General.

Para ser Secretaría de Estado en 1839, se debía cumplir con los  mismos requisitos y cualidades qué se exigían al Presidente de la Republica, es decir, ser centroamericano de origen; tener treinta años cumplidos; haber tenido el ejercicio de ciudadano en los últimos siete años de su elección; ser del estado seglar y hallarse en el pleno de sus derechos.

En 1839 la estructura orgánica de la Cancillería no era mayor de 6 a 10 personas, entre las que se encontraba el Ministro, Secretario, Oficinista, encargado de Archivo y el chofer.

Los años de 1900 y 1921, fueron intensos en actividad política, como resultado de la crisis que involucró a los cinco países centroamericanos, en guerras entre Estados, cabildeos y negociaciones, resultando con la firma del Tratado de Paz de Washington.
Este hecho produjo en la Cancillería hondureña un esfuerzo de organización y un aumento de personal y de temas de agenda.

La Secretaría de Relaciones Exteriores funcionaba en 1950 con una reducida planta de funcionarios consistente en el Ministro, el Subsecretario, el Oficial Mayor, el Jefe de Protocolo, El tenedor de Libros, Jefes de las Secciones Consulares, Pasaportes y Auténticas, un Asesor Jurídico, un Calígrafo, un Traductor Oficial, el Director de Boletines Oficiales de la Cancillería, siete escribientes y mecanográficas y un portero. Eran, claro está, otros tiempos y el Estado no se había agigantado tanto.

El 16 de febrero de 1951 se creó la Comisión de Estudios Territoriales nombrándose Presidente a S. Silverio Laínez; Vicepresidente a S. José Padilla Vega; Vocales a los señores Salvador Zelaya, Alfredo Trejo Castillo, Esteban Mendosa y Ramón Cruz y Secretario a D. Pedro Rivas.

La Cancillería continuó creciendo y se tomó en cuenta que todo lo relacionado a los límites con los países vecinos obligaba crear una sólida estructura para estudiar, investigar y defender los Derechos de Honduras de esa manera la Comisión de Soberanía y Frontera, Dirección General de Límites y Aguas Internacionales y la Comisión Especial de Demarcación vinieron a sustituir a la Tradicional Comisión de Estudios Territoriales.

La defensa de la integridad territorial del país ha sido una constante de los sucesivos gobiernos hondureños, así como el apoyo pleno a los compatriotas que trabajan en el exterior, manteniéndose una acción dinámica para combatir el flagelo de la pobreza.

En los años 70 y 80 la crisis centroamericana obligaron a la creación de otros departamento, como ser la Dirección de Asuntos Centroamericanos, Cooperación Internacional, Refugiados, Derechos Humanos y Promoción Cultural, en este periodo se dio vida al Gabinete Asesor, Organismo integrado por 4 embajadores de Carrera para asistir directamente al Canciller en asuntos esencialmente de política exterior.

Posteriormente la Cancillería tomó en consideración su papel de planificador, coordinador y ejecutor de la política exterior y desarrolló fuertemente dos áreas, integración y cumbres y tratados comerciales.

La Dirección General de Política Exterior se estructuró para realizar la actividad de las relaciones y la política internacional, a través de dos áreas: asuntos Bilaterales y Multiláteras, asimismo se creó la Dirección  General de Promoción externa y Gestión Internacional, encargada de la Cooperación Internacional y de la promoción de las Exportaciones, las Inversiones y el Turismo.

Los acontecimientos que envolvieron a Centroamérica en una vorágine de crisis políticas y sociales, obligó a la Cancillería a hacer Política Exterior, y en el plano del fortalecimiento institucional se dotó de los instrumentos legales para proporcionar una base sostenible a la Política Exterior, y se aprobó la Ley del Servicio Exterior de Honduras de 1984, como un régimen que creaba por primera vez en la historia diplomática, la profesionalización del Servicio Diplomático, mediante el funcionamiento de la Carrera Diplomática.

A la par de la Ley del Servicio Exterior se aprobó el Escalafón Diplomático, el cual reguló el funcionamiento de la Escuela Diplomática y las relaciones Internacionales, esta es la encargada de establecer cursos regulares de formación y capacitación, como la única instancia para ingresar a la Carrera Diplomática, hasta la fecha se han practicado 8 exánimes para ingresar al escalafón Diplomático.

En el año 2010 se creó la última reforma a la estructura de la Cancillería, creando la Subsecretaria de Promoción de Inversiones y Comercio, y las Direcciones Generales de Integración Centroamericana,  Tratados y Convenios, Promoción de Inversiones, así como el Centro Nacional de Estudios Geopolíticos, Centro de Investigaciones Económicas y Comerciales y Centro de Innovación e Informática.